Se sabe poco de su infancia. Se sabe que se educó primero en Cali, luego en Popayán, y por último en Bogotá, entre 1848 y 1852, durante los años de gobierno de José Hilario López. En su poesía, Isaacs evoca el Valle del Cauca como el espacio idílico en que transcurrió su infancia, y la marcha a Bogotá debió suponer para él un paso difícil. Regresó a Cali en 1852, parece ser que sin haber terminado sus estudios de bachillerato. En 1854 luchó en las campañas del Cauca contra la dictadura del general José María Melo, por espacio de siete meses. Su familia atravesó por entonces una difícil situación económica a causa de la guerra civil. En 1856 se casó con Felisa González Umaña, que contaba por entonces catorce años, y que le daría abundante descendencia y perseverancia para que se escudara de ellos fue un famosisimo escritor que atravesó Europa, Asia y África.
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